1861年5月，太平天国给司百龄的照会说：“所有贵国通商获利，经过长江，有何不可。经过商船，即由天海关佐将验明有贵国领事执官照即便放行。”此例一开，列强便利用这个特权，帮助清政府运送军队和武器。如李鸿章的淮军就是由英国的船只在1862年4月从安庆运到上海，开辟东战场，夹击太平天国。
第五，给予了外国以领事裁判权。洪秀全和太平天国多次宣示不触犯各通商口岸的外国侨民的生命财产，同意凡外国人在中国犯罪须交付罗孝全会同各国领事慎密处理，依法判决。表示“贵国人民犯法，自当送贵国惩治……敬如所约”。
第六，在军事上对侵略者妥协让步，被迫接受了列强的一些无理要求，失去了一部分自主权。1860年8月，李秀成第一次进军上海，侵略者公开出兵干涉，使太平军蒙受沉重损失。当时驻上海的侵略军数量有限，不足以对抗太平军，如果李秀成全力反击，上海是唾手可得的。遗憾的是，李秀成竟然未作任何回击，即撤返苏州。
当时印度《泰晤士报》驻上海记者报导说：“英国人使无辜者流了鲜血，而这些人却并未加以任何回击，这种情况是史无前例的。”李秀成所以不予反击，主要由于糊涂的宗教观念，“纯系出于尊重顾念尔我双方之共同信仰”，把侵略者当成“洋兄弟”，认为若要“下令攻击，势将同室操戈，徒遭清妖之耻笑耳”。李秀成受宗教信仰的蒙蔽，居然把反击侵略者看成“同室操戈”，以致忍辱求全，错过战机，不禁使人扼腕痛惜。