湘潭覆军，于太平军西征全局影响至大，它助长了湘军的嚣张气焰，引发了其后太平军在两湖境内的一系列失败。李秀成后来将其列为“天朝十误”之一：“四误不应发林绍璋去湘潭。此时林绍璋在湘潭全军败尽。”
5月4日，石祥祯、林绍璋等率靖港的太平军北撤岳州。石祥祯更率军回援助攻武昌。在湖南的太平军采取守势。原在湖北活动的老将曾天养率部辗转入湖南境，于6月间先后攻占澧州、安福。随即与占领龙阳的林绍璋会师，于6月11日攻占常德府。13日，占桃源，并进至辰州之辰龙关。6月29日、30日，在得知湘军将大举进攻后，又先后退出桃源、常德，将各处筹集到的银钱米谷，用船经洞庭湖运载回岳州。太平军在岳州添筑木城、土城20余座。新墙对河及阁镇市等处，四路设卡，拆毁桥梁，为久守之计。
湘军方面损失也很大，短期内无法再次发动对太平军的攻击。其水师战船损失大半。曾国藩抓紧时间，在衡阳、湘潭设厂续造战船60号，“较前更加坚致”。在长沙亦设厂修理船只百数十号。水师仅留在湘潭获胜的5营2000人，其余全数遣散。更在两广招募水勇，购置洋炮700门。陆师则留塔齐布等营3000余人，又调留守衡阳的罗泽南、李续宾两营赴长沙，准备进攻岳州，并出省援鄂。经过两个月的长沙整军，湘军“规模重整，军容复壮”。