光绪二年八月，烟台谈判正式开始。
威妥玛率先发难，问李鸿章道：“马嘉理之事，地方官员必须承担责任，我要求你们严格审查，并且保证不能再出现此类事件！”李鸿章闻言，只得点了点头。
随后威妥玛又问道：“那么增设通商口岸，免收货物厘金呢？贵国能否答应？”
李鸿章对于威妥玛的种种要求，不敢轻易决断，当即回答：“请容我回去商议。”
深夜，李鸿章就当天谈判内容请教赫德，赫德见李鸿章忧心忡忡，肯定是担心谈判内容会有损大清颜面，如果不答应，威妥玛一变脸，这次谈判必将失败，为了安慰李鸿章，赫德便胸有成竹地回答道：“不必担忧。只要你与我在一起工作，就会毫无困难。在我俩事先未取得一致意见以前，你不必言，不必行，不必允诺任何事情。那么，你又会有什么危险呢？”
后来在赫德的中间斡旋，双方经过一番讨价还价，李鸿章无奈至极，面对窗外的港口处，停泊的各国舰队上黑洞洞的炮口，他最后基本同意了威妥玛的绝大部分要求。于是在九月十三日，《烟台条约》正式签字。
随后清政府决定派兵部侍郎郭嵩焘前往英国道歉，但是大臣们心想，堂堂天朝，派大臣去英国道歉实在有损国体，为了保全国体，清政府打算任命郭嵩焘为中国驻英国大使。此举意在表明，郭嵩焘的英国之行不是去道歉，而是代表政府出使英国、递交国书的前提下去表达对死者的慰问，这样有助于保全国体。没想到他出使英国的消息一经传出，他自己还没什么反应，他的家乡百姓竟然很是气愤。他们把郭嵩焘的“出使番邦”看作是湖南人的奇耻大辱。相传，当时湖南正要举行乡试，考生们居然想考试之前，集体去捣毁郭嵩焘的住宅。有人甚至还编了一副不无恶意的对联对他进行讽刺：“出乎其类，拔乎其萃，不容于尧舜之世。未能事人，焉能事鬼，何必去父母之邦。”