因此，整顿改造军官，实行军官的年轻化就成了沙恩霍斯特面临的一项主要任务。1807年11月27日，国王下令成立了一个调查在战争中投降的委员会，惩处那些在1806-1807年战争中表现怯懦和投降者的罪行，分别判处死刑、无期徒刑。
委员会还根据已调查的情况，起草了一份长达600页的报告，根据报告对军官进行大规模清洗，不称职淘汰，过老者退休。至1808年9月军官改组工作完成止，1806年任职的142名将军中被撤职17名，解职86名，留任仅22名。855名参谋军官中被撤职55名，解职584名，留任185名。6069名下级军官中，被撤职141名，解职3924名，留任1584名，同时，在每个只有700人的团里编有70-80名现役军官，以保持一支干部队伍，便于战时及时扩充。
为了更好地调动广大士兵的作战积极性，真正使有军事才能的人走上军队领导岗位，从根本上提高军官的素质，沙恩霍斯特又把改革目标对准了不合理的晋升制度。为此，1908年6月颁布了一个《步兵、骑兵和炮兵高级军官选拔条例》，规定从颁布之日起，只有那些在和平时期学习知识、受过教育、在战争时期表现出类拔萃的勇敢和能驾驭全局的人，才有权利得到军官职位。因此，全民族中一切具备上述条件的人，均有权被提名担任军队中最高的荣誉职位，军队中完全废除一切等级特权，每个人均有同等的义务和权利，不得照顾其出身。同年11月又宣布，废除根据服役年限提升高级军官的规定，提升军官须经过考试，内容包括军事和文化两个方面。这两个方面的规定使得选拔军官主要以文化教育水平与本人能力为依据。